在现实生活中，有不少地方或者部门对海域使用权证和养殖证存在着认识上的模糊，小编在此试图浅显地廓清两者之间的关系。

（一）管理部门不同

海域使用权证是海洋行政主管部门管理的，而养殖证是渔业行政主管部门管理的，对于基层海洋与渔业行政主管部门来说这两个部门则合二为一，只是内部的职能分工不同，海域使用权证归海域管理科管理，养殖证归渔业科管理。

（二）法律性质不同

海域使用权具有物权性质，归为用益物权，因此海域使用权证书是一种不动产权属文书，是登记机关颁发给权利人作为其享有权利的证据。养殖证具有确认使用权的作用，在性质上为一种行政管理机关颁发的资质证书，仅具有行业准人的证明作用，是行业准入的要求。

（三）确认内容及功能的不同

海域证确认的是用海单位和个人对特定海域的排他性使用权，是一种私法上的权利；而养殖证所确认的是渔业经营者进行渔业资源开发的资格和能力，是一种行业准入的资格。海域证既可以转让又可以继承，同时也可以抵押贷款，而养殖证则不具此功能。

（四）收费内容的不同

海域证持有人缴付的是海域使用金，是国家作为海域自然资源的所有者，在出让海域使用权时应获得的收益，是资源性国有资产收入。属于权利金的范畴，它既不同于税金，也有别于行政事业性收费；养殖证持有人缴付的是渔业资源保护增殖费，是一般意义上的税费征收。

（五）权益损害救济方式的不同

渔业经营者依据海域证所享有的权利如被发证机关非法侵害，他能以用益物权人的身份申请民事救济。渔业经营者依据养殖证所享有的权利如被发证机关非法侵害，他只能以行政行为相对人的身份主张行政救济。